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星级阶段，航空母舰舰种无疑是最上位的那种，其次才是战列舰舰种，然后依照潜舰、巡洋舰、驱逐舰、支援舰、后勤舰，依序而下。
可到了空天级阶段，情况就开始出现改变，由于航程和火力的差距被缩小的关系，舰娘的舰种划分重新界定，初步划分成攻击舰、支援舰和后勤舰等三类，空天母舰的地位虽仍占据最高位，可实际上与其它攻击舰的差距，却已经没有地星级阶段悬殊，支援舰和后勤舰的地位更是直接拉平。
彗星级阶段阶段，可谓舰种比序的大洗牌，随着支援舰与后勤舰的体系完善、基地舰的萌芽，以及位面贸易的展开等因素，攻击舰的地位虽没夸张到一落千丈的程度，但也相差无几。
基地舰一跃而成顶流，其后则是多功途作业舰等后勤类的工程舰舰种，以及适合位面远航的后勤舰与民用船，再来才是星际母舰等攻击舰。
这样的状态，基本上会维持到行星级阶段，方舟舰横空出世，力压基地舰而成为顶流，而基地舰以下的攻击舰、支援舰和后勤舰等舰种，地位趋于对等。
@神秘侧：
太古至近古期间出现的古代舰娘，属于神秘侧舰娘的范畴，其舰种仅有四级，分别为：舰、船、舫、舟。
相较于五花八门，种类繁多的科技侧舰种，神秘侧舰种主打的，就一个功能性。
舟级舰种：基本上多有着某种奇特的能力，其战力或许不怎么样，可若用对地方，往往会有奇效。
舫级舰种：基本上可分为文、武两类，前者虽不具备攻击能力，运输能力也很差，却又极高的作业与执教特性，后者的实际战斗能力虽然不怎么样，基本功倒是挺扎实的，还具备佐训的特性，适合用于镇守府的行政作业、科研工作，以及学院执教等等，是总督含以上级别的顶级提督必备的舰种之一。
船级舰种：与舫级舰种相仿，船级舰种主要分成两大类，一个是作战用的军船，一个是民间使用的商船。
作战用的船级舰种，多具备万箭齐发一类的能力，擅长清剿海兽等生物单位；商业用的船级舰种，则适合用来进行跨位面的贸易活动，二者凭其具备的神秘侧能力，成效往往要比同级别的科技侧舰种来得更高。
舰级舰种：神秘侧的一众古代舰种当中，数量最多，功能性反倒不怎么强的舰种，基本上都是所谓的军舰。
舰级舰种与其它古代舰种不同的地方，在于最顶尖的那一类舰级舰种，可以透过改修的方式，转化成亚现代的铁甲船，从而兼具
